Среднее время проверки на границе в Афинах выросло с 20 секунд до полутора минут после запуска системы въезда‑выезда ЕС 10 апреля. Это резко увеличило очереди на паспортном контроле, особенно в часы пиковых прилётов из стран вне Шенгена. Некоторым пассажирам приходится ждать более двух часов, в зависимости от загруженности и времени суток.
Новые проверки включают обязательную сдачу отпечатков пальцев и фотографирование прибывающих из стран, не входящих в Шенген. В промежутке с полудня до 14:00 одновременно приземляются до 15 рейсов из стран вне Шенгена, что создаёт наибольшее давление. Сейчас через контроль в самые загруженные дни проходит около 6 000 пассажиров из стран вне Шенгена, и поток продолжает расти.
К пику сезона с середины июля до середины августа ежедневное число таких прибытий может превысить 15 000 человек. По мере уплотнения расписания ожидание на границе, вероятно, увеличится, хотя массовых сбоев пока не наблюдается. Жалобы в основном касаются неудобств и длительных очередей, а не пропущенных рейсов, как в некоторых аэропортах ЕС.
Аэропорт усилил работу стоек контроля для прилётов из ключевых туристических рынков, включая США, Канаду, Австралию, Китай и Индию. Для британских граждан, составляющих крупнейший поток в 2025 году, процедуру упростили; биометрическая регистрация им не потребуется. В ближайшие месяцы планируется ввод автоматических киосков, чтобы разгрузить службы и сократить время проверки.